Genel kabulun aksine uyku durumu ve hele hele rüya görme esnasında bilincimiz tam olarak kendi içselliğimiz ve dış dünyadaki uyaranlara kapanmaz. Rüya gören kişi uyanık bilincin dünyasından uzaklaşmasına karşın tam bir kopukluk yoktur. Rüyaların bir kısmı uyanık yaşamı devam ettirir. Rüyalarımız düzenli bir biçimde, kısa düre önce bilincimizde bulunan – veya bilinç altımızdaki - fikirlere bağlı olarak ortaya çıkar. Rüyalarımız bir kısım içerik ve malzemesini uyanık yaşamımızdan ödünç alır. Oysa kişisel olarak, sanki rüyalarımız başka bir alemden bize ulaşıyormuşa inanma eğilimi duyarız. Rüyalarımızda belleğimizin kayıtları bir şekilde devreye girer ama seçtiği olaylar nedensel ilişki içermez. 

Ameliyatlar için uygulanan genel anestezinin ve koma durumunun aksine, uykumuzda ve rüya esnasında belli bir ölçüde bilinçli zihnimiz devam eder. Uykunun değişik evreleri vardır ve bu evrelere göre de kişideki bilinç durumu değişir. Özellikle, günlük yaşamlarında yoğun olarak uğraşılan sorunların çözümlerinin rüyada ortaya çıkması uykudaki durumumuzun “bilinçsiz” olmaması ile rahatlıkla açıklanabilir. Bilim tarihinde bunun örnekleri sıktır: Friedrich August Kekulé’nin (1829-1896) benzen molekülünün şeklini, Elias Howe’nin (1819-1867) dikiş makineleri iğnelerinin iplik deliğinin uçta olması gerektiğini (rüyasında bir kızılderili grubunun kendisini bir ağaca bağladığını ve hepsinin mızrağının ucunun delik olduğunu görür) ya da dahi matematikçi Srinivasa Ramanujan’ın (1887-1920) uğraştığı bir denklemin çözümünü rüyasında görmesi gibi. Ama bu keşifler sadece ünlü bilim adamlarına ya da dahilere ait değildir. Üniversite sınavına hazırlanırken masa başında uykuya kalan bir çok öğrenci, yarıda kalan ya da çözemediği problemi rüyasında çözmüştür. Bunun da örnekleri çoktur.

Gelelim uykudaki bilinçlilik durumumuza. Uyku değişik evrelere ayrılır. Uyku evresi-1’de kişi kolaylıkla uyandırılabilir. Evre-1 uykunun %2-5’ini oluşturur. Kişi uyandırıldığında uykudan ziyade yarı uyanık olduğunu söyler. Evre-2 ise uykunun %50’sini oluşturur. Bu evrede beyin elektriği kayıtlamasında (EEG) aralıklı K-kompleksleri denen dalgalar ortaya çıkar. K-kompleksleri kendiliğinden veya ani dışsal uyaranla ortaya çıkabilir. Kişinin kulağına, kişinin kendi adı gibi anlamlı sesler söylenmesi K-komplekslerinin sık oluştururken, anlamsız kelimelerle daha az ortaya çıkarlar. Bu durum beynin uyku sırasında aslında tam olarak uyumadığını ve anlamlı-anlamsız ayrımını yapabilecek kadar bilgiyi işlemeye devam ettiğini gösterir. Yavaş dalga uykusu olan aşama olan 3-4'de ise kişide hem benlik algısı hem de nesneler yoktur. Bu aşamada özellikle önbeyin kabuğu bölgesinde kan akımı ve metabolizma daha düşük seviyeye düşer. Böylece uyanıkken çok yoğun kullanılan bir bölge kendini toparlar. Bu bölgede rüya görme esnasında enerji kullanımındaki azalma devam eder. Belki de bu çalışma azalmasından benlik hissi bu aşamada kaybolur, kendine farkındalık askıya alınır. Uykuda yürüme bir uyanıklık bozukluğudur. Tipik olarak yavaş dalga uykusunda ortaya çıkar ve bu uykunun başlangıcından 1 saat sonraya denk gelir ve aynı zamanda ilk REM (hızlı göz hareketleri) dönemidir. Rüyaların %95’i REM döneminde görülür. Bu nedenle REM dönemi aşağı yukarı “rüya dönemi” ile eş kabul edilir.

Uyku sırasında, bedensel organlarımız konusunda daha derin bir duyusal bilince ulaşıyor olabiliriz. Uyku ile dış dünyadan gelen uyaranlar ortadan kısmen kalkar. Algılar tamamen bedenin içsel uyarımlarına yönelir. İç organların bariz rahatsızlıkları, bazen rüya başlatıcı olarak ortaya çıkabilir. Tıpkı gündüz gürültülerinin bastırdığı ırmak uğultusunu geceleyin işitebilmemiz gibi, günün izlenimleriyle artık sağır edilmediğimiz geceleyin içeriden yükselen uyarımlar daha fazla beynimizin dikkatini çeker. Bu nedenle bazı organlarımızdaki hastalıkları adaha ortaya çıkmadan rüyalarımızda görebiliriz. Örneğin; kalp ve akciğer rahatsızlıklarında sıklıkla kabus ve kaygı rüyaları görülebilir.

Yine uyku sırasında, uyanıklık bilinci gibi seçici bir algılama olabilir. Dış dünyaya algılarımız tam olarak kapanmaz. Örneğin, bir değirmenci değirmen gütültüsünde uyur ve uykusunu engellemez. Krablıktan korkan birisi ışığı açarak uyur. Ama değirmenin durması ve sesinin kaybolması değirmenciyi uykudan uyandırır. Ya da karanlıktan korkan için ışığın kapanması uyanmasına neden olabilir. Dolayısı ile uyku da da bilgi işleriz. Dış dünyadan girdileri almaya devam ederiz. Özellikle REM uykusu esnasında, duyusal beyin kabuğunda çalışmada artış olduğu işlevsel beyin görüntülemeleri ile ortaya konmuştur.

Görüldüğü üzere, aslında biz uyusak da “beynimiz uyku ve rüya esnasında tam olarak uyumaz”. Bilgi işlemeye devam eder. Bu bilgi, günlük yaşamımızdan bilinçli ve açık zihinle aldığımız bilgi olabileceği gibi, bilinçsiz, farketmeden beynimize ulaşan bilgi de olabilir.